Od počátku své tvůrčí dráhy směřoval k meditativně-minimalistickému výrazu, pro který byla vždy důležitá filosofická a teologická východiska. Soustřeďoval se často na archaické kultury a staré evropské umění, ve kterých viděl alternativu k rozdrobenosti moderní civilizace. V celé své tvorbě hledal Boštík universální, nadosobní řád, jednotu člověka s přírodou a Bohem, cestu ke světu prvotní zkušenosti. V průběhu své tvůrčí dráhy směřoval k čím dál větší objektivitě a potlačení vlastního individua, spěl k malbě, ve které se podle vlastních slov vyhýbal „popisné služebnosti, expresivní deformaci a subjektivnímu zneužití“ a postupně se omezil na „objektivní“ barevné plochy, základní geometrické tvary a shluky bodů v jednoduchých geometrických vztazích (Vlnění, 1967; Zakřivení, 1970).
Už na počátku své tvůrčí dráhy, na konci 30. let, se Boštík zřekl inspirace aktuálními proudy soudobé umělecké produkce a společně se sochařem a malířem Janem Křížkem se začal zajímat především o egyptské a mezopotámské umění, tvorbu přírodních národů (Fantastická hlava, 1946), o metafyzickou malbu, přímo vycházel i z raně románského umění. Náměty jeho děl často čerpaly z křesťanské ikonografie (Kresba k Apokalypse, 1945; Nebeský Jeruzalém, 1989), zájem o Josefa Šímu se projevil v dematerializaci barevné hmoty a práci s vnitřním světlem barevných ploch v sérii obrazů z počátku 40. let (Krychle, Kámen, Hmota, Členění). Na pozvání Josefa Kaplického a Karla Šourka vstoupil Boštík do Umělecké besedy, po odmítnutí jeho cyklu gesticky kreslených, v podstatě abstraktních krajin, které tvořily druhou linii tehdejší Boštíkovy tvorby, se prostředí Besedy názorově vzdálil (Lyrická krajina, 1942).
Boštíkova první samostatná výstava v Alšově síni Umělecké besedy v roce 1957 znamenala jeden z prvních signálů poválečné abstraktní malby a přispěla k obnovení kontinuity českého moderního umění. Téměř celou druhou polovinu 50. let vytvářel Boštík společně s Jiřím Johnem památník obětem holokaustu v pražské Pinkasově synagoze, dílo, které svým horizontálním členěním mohlo předznamenat některé jeho pozdější obrazy (Rýhování, 1973). V průběhu 50. let vytvořil Boštík sérii znakově-symbolických obrazů (Noc, 1957; Figurální kompozice, 1957; Rytmus, 1958), toto pojetí na konci dekády opustil ve prospěch rastrů a barevných polí, které pak rozvíjel po dalších několik desetiletí. Před polovinou 60. let se Boštík propracoval k téměř monochromním malbám, ve kterých vyjadřoval vlastní představu kosmogonického procesu, energetických polí ve stádiu před geometrickou organizovaností (Pole modré, 1964; Růžová mlhovina, 1965). Světlo vystupuje v těchto obrazech už jen jako transparentní, imateriální princip. V 80. a 90. letech pokračoval v rozvíjení těchto principů především v sériích jemně roztíraných barevných pastelů.
„Kdybych měl krátce charakterizovat své úsilí, pak bych řekl, že hledám ztracený ráj. Pokouším se nalézt východisko z labyrintu, ve kterém žijeme, a přiblížit se natolik ráji, abych z něj alespoň něco zahlédl.“ V. Boštík
text: Jakub Hauser